Налоговая затягивает сроки проверки: как быть с пенями?

Нарушение сроков проведения налоговой проверки или рассмотрения её материалов со стороны налоговых органов не препятствует принятию окончательного решения, как установил Конституционный суд России (КС) в деле акционерного общества «Научно-производственное предприятие КлАСС». Суд подчеркнул, что налогоплательщик в данном случае не освобождается от уплаты пеней, даже если он узнал о них позже установленного законом срока.
Суть дела заключается в том, что налоговое нарушение, связанное с «НПП КлАСС», было выявлено в 2014 году. В ходе проверки был обнаружен формальный документооборот между акционерным обществом и его контрагентами, который использовался для получения налоговых льгот. Это послужило основанием для начала налоговой проверки, решение о которой было принято в декабре 2016 года. Однако процесс проверки растянулся: справка о её результатах была составлена лишь почти через год, а акт проверки был готов в феврале 2018 года. Наиболее значительным моментом стало то, что акт был передан заявителю только в августе 2021 года, а итоговое решение по результатам проверки было вынесено 15 июня 2022 года и вручено «НПП КлАСС» 22 июня 2022 года. Длительность этого процесса объясняется множественными приостановками и продлениями, вызванными возражениями со стороны налогоплательщика.
В результате налоговые органы начислили «НПП КлАСС» налоги и пени за 2014 и 2015 годы, поскольку, согласно статье 75 НК РФ, начисление пеней связано с моментом возникновения недоимки и датой её погашения, а не с действиями должностных лиц. Таким образом, нарушение сроков налоговой проверки не освобождает налогоплательщика от уплаты пеней.
Заявитель также утверждал, что положения статей 100 и 101 НК РФ, регулирующие порядок и сроки рассмотрения материалов проверки, противоречат Конституции. Однако КС с этим не согласился. Решение было принято без проведения слушаний, основываясь на ранее сформулированных судебных позициях. Суд неоднократно отмечал, что нарушение сроков проведения проверки может рассматриваться как процессуальное нарушение. В то же время освобождение налогоплательщика от уплаты пеней возможно только в том случае, если такое нарушение будет признано существенным и если решение налогового органа будет отменено из-за несоблюдения сроков вручения акта проверки.
Конституционный суд, приняв это решение (Постановление Конституционного Суда РФ от 13.05.2025 № 20-П), положил конец многолетним спорам между налогоплательщиками и Федеральной налоговой службой (ФНС).
Специалисты департамента налогового консалтинга Юридического бюро «Константа» рекомендуют налогоплательщикам обращаться к экспертам по налоговому праву на ранних этапах назначения налоговой проверки. Акт налоговой проверки содержит лишь предложения проверяющих и не является окончательным решением налогового органа. Для уменьшения доначислений по акту есть два направления: возражения на акт налоговой проверки и подача апелляционной жалобы.
Профессионалы могут оказать помощь в написании жалоб на затягивание сроков вынесения решений налоговыми органами, а также подготовить обоснованные возражения на акт налогового органа и апелляционную жалобу/жалобу на решение.